Στις 7 Οκτωβρίου του 1571 έγινε μια από τις σημαντικότερες ναυμαχίες της ιστορίας, η Ναυμαχία της Ναυπάκτου.  

Η ναυμαχία διεξήχθη μεταξύ των ενωμένων στόλων της Ισπανίας, της Βενετίας, της Γένουας, των Ιπποτών της Μάλτας, του δουκάτου της Σαβοΐας, του δουκάτου του Ουρμπίνο, του μεγάλου δουκάτου της Τοσκάνης και του Πάπα υπό την ονομασία Lega Santa (Ιερή Ένωση), και  του ενιαίου στόλου της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, στην είσοδο του Πατραϊκού Κόλπου -κοντά στις νήσους νότιες Εχινάδες και στο Ακρωτήριο Σκρόφα. 

Η ναυμαχία αποτελούσε μέρος του αγώνα για την κατάκτηση της Κύπρου και δεν ήταν προσχεδιασμένη. Ο ευρωπαϊκός στόλος εκινείτο προς την Αμμόχωστο με σκοπό να προλάβει την άλωση της πόλης που βρισκόταν υπό πολιορκία.

Ο τουρκικός στόλος ελλιμενιζόταν στα ανοικτά της Ναυπάκτου.  Μετά τη κατάληψη της Κύπρου από τον Σουλτάνο Σελήμ Β΄, τον Αύγουστο του 1570, και τις επακόλουθες από τους Τούρκους σφαγές των παραδοθέντων Ενετών, αλλά και μετά την προκλητική στάση των Οθωμανών έναντι των χριστιανικών κρατών, άρχισαν τότε, με την πρωτοβουλία του μετέπειτα Αγίου Πάπα Πίου του Ε΄, τα χριστιανικά κράτη και μάλιστα η Ισπανία και η Βενετία, να συνάπτουν συμμαχίες για κοινές πολεμικές ενέργειες κατά των Οθωμανών, που απέβλεπαν κυρίως στη διάλυση του οθωμανικού στόλου και στην απελευθέρωση των κατεχομένων εδαφών.

Οι δύο στόλοι συναντήθηκαν στις 7 Οκτωβρίου.  Το κέντρο του συμμαχικού στόλου κατείχε ο Δον Ιωάννης, τη διοίκηση της αριστερής πτέρυγας της παράταξης ανέλαβε ο Ενετός ναύαρχος Βαρβαρίγος, της δε δεξιάς ο Γενουάτης ναύαρχος Ντόρια, ενώ όπισθεν του κέντρου είχε παραταχθεί εφεδρική δύναμη. 

Αντίθετα, ο οθωμανικός στόλος απέβλεψε εξ αρχής στην κύκλωση των χριστιανικών πλοίων. Και πράγματι, ενώ φαινόταν πως είχε παρακάμψει την αριστερή πτέρυγα του συμμαχικού στόλου, επιτέθηκαν οι Ενετοί, οι οποίοι και διέσπασαν την αιγυπτιακή γραμμή, επιφέροντας την καταστροφή της. 

Στην αρχική αυτή μάχη φονεύθηκαν ο Ενετός, αλλά και ο Αιγύπτιος ναύαρχος, ενώ διακρίθηκαν ιδιαίτερα τα επτανησιακά των Ενετών. 

Η ναυμαχία αυτή έληξε με πλήρη νίκη των συμμαχικών πλοίων, εκ των οποίων μόνο 15 βυθίστηκαν και φονεύθηκαν περί τους 8.000 εκ των πληρωμάτων τους. Οι απώλειες του οθωμανικού στόλου ήταν τεράστιες, μόλις 40 πλοία εκ των 273 διέφυγαν την καταστροφή ή την αιχμαλωσία, υπό τον Ουλούτς Αλή ή Κιλίτζ Αλή Πασά, (όπως ήταν το μετέπειτα όνομά του), στο δε έμψυχο οι απώλειες υπολογίστηκαν σε 30.000 νεκρούς και 15.000 αιχμαλώτους εκ των οποίων 1.500 ήταν Έλληνες των ελληνικών και τουρκικών παραλίων, που υπηρετούσαν στον οθωμανικό στόλο και απελευθερώθηκαν.

Η καταστροφή του τουρκικού στόλου αναπτέρωσε το ηθικό των υπόδουλων λαών της Βαλκανικής και αποτέλεσε την αφετηρία μιας σειράς επαναστατικών και συνωμοτικών ενεργειών εναντίον των Τούρκων. Οι κινήσεις αυτές έγιναν με την ελπίδα της βοήθειας που υπόσχονταν οι ευρωπαϊκές δυνάμεις της Ιεράς Συμμαχίας (Sacra Liga). 

Οι βοήθειες αυτές στην πραγματικότητα δεν ήλθαν ποτέ ή ήταν πενιχρές και οι επαναστατικές προσπάθειες δεν είχαν επιτυχία. Μαρτυρούν όμως τη ζωτικότητα και την έντονη εθνική συνείδηση των λαών της περιοχής και κυρίως των Ελλήνων. Οι προσπάθειες αυτές ατόνησαν μετά την έκρηξη του Τριακονταετούς Πολέμου (1618-1648), οπότε και άλλαξαν οι προτεραιότητες της πολιτικής των δυτικών δυνάμεων.

Από το 1573 εκδηλώνονται συστηματικά πειρατικές επιδρομές από Μαλτέζους, Ναπολιτάνους, Ισπανούς, Κορσικανούς και Γάλλους κατά νηοπομπών της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Οι Τούρκοι προσανατολίζονται στους Έλληνες και αναθέτουν σε μικρά ελληνικά σκάφη των τουρκοκρατούμενων περιοχών τη μεταφορά των εμπορευμάτων τους. 

Ο αποκλεισμός από το 1592 και ύστερα ξένων πλοίων από τη Μαύρη Θάλασσα συνέβαλε στην ανάπτυξη της ελληνικής ναυτιλίας. Τα ελληνικά πλοία ήταν ασφαλέστερα, διότι τα πειρατικά σκάφη επάνδρωναν στην πλειονότητά τους Έλληνες.

Διαβάστε επίσης: Σεπτεμβριανά 1955 | Τα άγρια τουρκικά πογκρόμ κατά του Ελληνισμού της Πόλης