Πρόκειται για ένα από τα πιο αποτρόπαια εγκλήματα των Ναζί στην κατεχόμενη Ελλάδα, κατά την διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου. 

Τις πρώτες πρωινές ώρες, της 10ης Ιουνίου 1944 γερμανική στρατιωτική φάλαγγα των Ες-Ες ξεκίνησε από τη Λιβαδειά για την Αράχωβα, με απώτερο στόχο την εκκαθάριση της περιοχής από τις αντάρτικες ομάδες. Η ναζιστική φάλαγγα ενώθηκε με άλλη γερμανική ομάδα που είχε ξεκινήσει από την Άμφισσα και προχώρησαν προς το Στείρι. 

Ακολούθησε μάχη, στην περιοχή Καταβόθρα, μεταξύ των ανταρτών του ΕΛΑΣ και των Γερμανών. Από την μάχη και οι δύο πλευρές είχαν απώλειες και οι Γερμανοί, απέδωσαν την επίθεση του ΕΛΑΣ σε ειδοποίηση των κατοίκων του Διστόμου και επέστρεψαν στο χωριό για να εκδικηθούν.

Αν και από το Δίστομο τα Γερμανικά στρατεύματα δεν δέχθηκαν κάποια πρόκληση (παρόλο που μεταπολεμικά το ισχυρίστηκαν οι Γερμανοί κατηγορούμενοι της σφαγής), για λόγους αντεκδίκησης η φάλαγγα των Ες-Ες άρχισε την σφαγή όσων κατοίκων έβρισκαν στο χωριό.

Από την ναζιστική μανία, δεν γλίτωσαν ούτε τα γυναικόπαιδα ούτε οι ηλικιωμένοι. Ο Ιερέας του χωριού αποκεφαλίστηκε, βρέφη θανατώθηκαν και γυναίκες βιάστηκαν πριν δολοφονηθούν. Η σφαγή σταμάτησε μόνον όταν νύχτωσε και αναγκάστηκαν να επιστρέψουν στην Λειβαδιά, αφού πρώτα έκαψαν όλο το χωριό. 

Οι εκτελέσεις συνεχίστηκαν και κατά την επιστροφή των Γερμανών στην βάση τους, καθώς σκότωναν όποιον έβρισκαν στον δρόμο τους. Οι νεκροί του Δίστομου έφτασαν τους 228, εκ των οποίων οι 117 γυναίκες και 111 άντρες, ανάμεσά τους 53 παιδιά κάτω των 16 χρόνων. 

Η μαρτυρία του απεσταλμένου του Διεθνούς Ερυθρού Σταυρού Eλβετού, George Wehrly ο οποίος έφτασε στο Δίστομο μετά από λίγες μέρες, κάνει λόγο για 600 νεκρούς στην ευρύτερη περιοχή, με πτώματα να κρέμονται ακόμα και από τα δέντρα περιμετρικά του δρόμου που οδηγεί στο χωριό.

Ο λοχαγός των SS Φριτς Λάουτενμπαχ (Fritz Lautenbach) είναι ο άνθρωπος που έδωσε την εντολή για τη σφαγή του Διστόμου, ο οποίος και μετά το τέλος της συνέταξε ψευδή αναφορά που ανέφερε ότι οι άνδρες του δέχθηκαν επίθεση “με όλμους, αυτόματα όπλα και τουφέκια από τη μεριά του Διστόμου”, θέλοντας να δικαιολογήσει τις αποτρόπαιες πράξεις του.

Η αναφορά του Lautenbach αμφισβητήθηκε αμέσως από τον Georg Koch, πράκτορα της μυστικής υπηρεσίας o οποίος συνόδευε επίσης το τάγμα των Ες-Ες. Ο  Koch υπέβαλλε ξεχωριστή αναφορά κατά την οποία βεβαίωσε ότι το τάγμα στην πραγματικότητα έπεσε σε ενέδρα πολλά μίλια έξω από το Δίστομο. Ο Koch αναφέρει επίσης ότι αφού το τάγμα είχε απωθήσει τους “αντάρτες”, έκανε μεταβολή προς το Δίστομο για να ξεκινήσει τη σφαγή.

Στην ανάκριση που ακολούθησε, ο Λάουτενμπαχ υπερασπίστηκε τις επιλογές του λέγοντας ότι προτίμησε συνειδητά να ακολουθήσει τις διαταγές. Επίσης δήλωσε ότι γνώριζε πως η επιλογή του μπορούσε να θεωρηθεί ανυποταξία. Σημειώνεται ότι στο στρατοδικείο που ακολούθησε, δεν κλήθηκε ούτε ένας Έλληνας μάρτυρας.

Ένας από τους επικεφαλής που θεωρήθηκε επίσης υπεύθυνος για την σφαγή στο Δίστομο, ο Χανς Τσάμπελ (Hans Zampel) μετά το τέλος του πολέμου συνελήφθη στην Γαλλία και εκδόθηκε στην Ελλάδα. Στην πορεία ζητήθηκε η μεταφορά του στην Γερμανία για τις εκεί έρευνες όπου και παρέμεινε. Μαρτυρίες αναφέρουν πως ο Zampel ζει μέχρι σήμερα ελεύθερος.

Σήμερα στον λόφο Κάναλες μέσα στο  Δίστομο, υπάρχει ένα μεγαλειώδες μνημείο, το Μαυσωλείο Διστόμου, είναι το πλέον γνωστό μνημείο, προς τιμήν των σφαγιασθέντων αμάχων της 10 Ιουνίου 1944. Εκεί λαμβάνουν χώρα οι ετήσιες εκδηλώσεις του Ιουνίου από το Δήμο Διστόμου σε συνεργασία με τους διάφορους Πολιτιστικούς και άλλους φορείς της περιοχής.